高分文献一01
标题：Cancer Cell -空间肿瘤学的临床转化
文章标题：Spatial oncology: Translating contextual biology to the clinic
期刊：Cancer Cell
影响因子：48.8
文章摘要：在过去的两个世纪里，细胞组织背景下的显微镜检查一直是组织病理学诊断的推动力。最近，通过单细胞图谱鉴定出的先进分子生物标记物的兴起增加了我们对癌症细胞异质性的了解，但尚未对临床治疗产生重大影响。将分子图谱分析与微环境特征相结合的空间技术为了解细胞的相互作用和组织提供了重要的原位背景，有望弥补这一转化差距。此文章中，作者回顾了空间转录组工具如何用于研究肿瘤生态系统及其临床应用。详细介绍了细胞-细胞相互作用、微环境组成以及组织重塑对免疫逃避和治疗抵抗的影响。此外，作者还强调了多组学空间剖析在描述临床相关特征（包括神经周围侵袭、三级淋巴结构和肿瘤-基质界面）方面的新兴作用。最后，作者探讨了临床整合策略及其对治疗和诊断方法的增强作用。
高分文献二02
标题：Nature -产前皮肤图谱揭示了人体皮肤形态发生的免疫调节
文章标题：A prenatal skin atlas reveals immune regulation of human skin morphogenesis
期刊：Nature
影响因子：50.5
文章摘要：人类产前皮肤上有包括巨噬细胞在内的先天性免疫细胞，但这些细胞是只起免疫作用，还是在形态发生中具有其他功能，目前尚不清楚。在此，作者结合单细胞和空间转录组学数据，绘制了人类产前皮肤（孕后 7-17 周）多组学综合参考图谱，以描述皮肤微解剖组织的特征。该图谱揭示了非免疫细胞和免疫细胞之间的串联是毛囊形成的基础，与无疤痕伤口愈合有关，并且对皮肤血管生成至关重要。作者将由人类胚胎干细胞和诱导多能干细胞衍生的生发皮肤类器官（SkO）模型与产前和成年皮肤进行了系统比较。SkO模型密切再现了毛囊发育过程中的体内皮肤表皮和真皮细胞类型，以及与遗传性毛发和皮肤疾病发病机制有关的基因表达。然而，SkO 模型缺乏免疫细胞，内皮细胞的异质性和数量明显减少。我们的体内产前皮肤细胞图谱显示，巨噬细胞和巨噬细胞衍生的生长因子在驱动内皮发育方面发挥作用。事实上，将诱导多功能干细胞衍生的自体巨噬细胞转移到SkO培养物中后，血管网络重塑得到了增强。因此，先天性免疫细胞是皮肤形态发生的关键角色，而非传统的免疫角色，它们通过与非免疫细胞的串联实现这一功能。
高分文献三 03
标题：Cell-福尔马林固定石蜡包埋中RNA的生物学空间探索-空转新技术
文章标题：Spatially exploring RNA biology in archival formalin-fixed paraffin-embedded tissues
期刊：Cell
影响因子：45.5
文章摘要：对福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织中的 RNA 生物学进行空间探索的能力为组织病理学研究带来了变革性的潜力。在这里，我们介绍了病理学组织兼容的确定性条形码（Patho-DBiT），它结合了原位多聚腺苷酸化和空间全转录组测序的计算创新，专为探究临床存档 FFPE 样品中的多种 RNA 而定制。它可以对基因表达和 RNA 处理进行空间协同分析，揭示特定区域的剪接异构体，并对保存 5 年的临床肿瘤 FFPE 组织进行高灵敏度的转录组图谱绘制。此外，还能捕获全基因组单核苷酸 RNA 变异，以区分人类淋巴瘤中的恶性细胞和非恶性细胞。Patho-DBiT 还能绘制microRNA调控网和RNA剪接动态图，解码它们在空间肿瘤发生中的作用。单细胞水平的 Patho-DBiT 剖析了驱动肿瘤克隆结构和时空细胞动态进展。Patho-DBiT 是一个宝贵的平台，可用于揭示 FFPE 组织中丰富的 RNA 生物学特性，帮助临床病理学进行评估。
高分文献四 04
标题：Molecular Cancer -解密 LGALS2 的作用：洞察乳腺癌患者的三级淋巴结构相关树突状细胞激活和免疫治疗潜力
文章标题：Deciphering the role of LGALS2: insights into tertiary lymphoid structure-associated dendritic cell activation and immunotherapeutic potential in breast cancer patients
期刊：Molecular Cancer
影响因子：27.7
文章摘要：癌症研究的最新进展突显了三级淋巴结构（TLS）在调节免疫反应中的关键作用，尤其是在乳腺癌（BRCA）中。在这里，利用基于生物网络的计算策略和机器学习（ML）方法对来自 6000 多个 BRCA 样本的大量转录组数据进行了综合分析，并确定 LGALS2 是 TLSs 中的一个关键标记。单细胞测序和空间转录组学揭示了LGALS2在TLS相关树突状细胞（DCs）刺激中的作用，并揭示了肿瘤微环境（TME）在宏观和微观层面的复杂性。LGALS2 表达的升高与生存期的延长有关，而生存期的延长与以多样化免疫细胞浸润和活跃的抗肿瘤通路为特征的强健免疫反应有关，这导致了 “热 ”肿瘤微环境。苏木精-伊红（HE）、免疫组织化学（IHC）和体内验证分析证实了LGALS2与TLS相关DC的共定位及其在BRCA免疫激活中的作用。将 LGALS2 鉴定为 BRCA 的一个关键因素，不仅凸显了它在新型 TLS 引导的免疫疗法中的治疗潜力，还为患者分层和治疗选择开辟了新途径，最终改善了临床管理。